Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP) Universitas Pattimura didirikan pertama kali dengan nama Fakultas Sosial Politik (SOSPOL) pada tanggal 5 Oktober 1959 bersama-sama dengan Fakultas Hukum oleh Yayasan Perguruan Tinggi Maluku-Irian Barat. Sebagai Dekan pertama ditunjuk Mr. Drs. E. M. Utrech dan Sekretarisnya Mr. A. J. Mainake. Pada saat pendirian, Fakultas ini hanya memiliki satu jurusan, yaitu Jurusan Ilmu Administrasi. Fakultas ini kemudian dinegerikan pada tanggal 6 Agustus 1962 bersamaan dengan peresmian Yayasan Perguruan Tinggi Maluku-Irian Barat menjadi Universitas Pattimura, berdasarkan Keputusan Menteri PTIP Nomor 99 tanggal 8 Agustus 1962. Selanjutnya disahkan pendiriannya dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia yang pertama No. 66 Tahun 1963.
Pada tahun 1973, tercatat jumlah mahasiswa di Fakultas ini sebanyak 253 orang dengan tenaga pengajar tetap berjumlah 6 orang. Mengingat jumlah tersebut sangatlah minim, maka selain ditempuh kerja sama dan dukungan Pemerintah Daerah melalui peminjaman tenaga seniornya menjadi dosen luar biasa, juga ditempuh kebijakan mendatangkan beberapa pengajar tetap dari pulau Jawa. Kebijakan tersebut kemudian dilanjutkan dalam bentuk proyek khusus, yang bermaksud menampung para mahasiswa tingkat doktoral untuk dibina dan dipersiapkan sebagai tenaga pengajar tetap. Lewat berbagai upaya diatas, kekurangan tenaga pengajar tetap ini kemudian dapat teratasi, dimana pada tahun 1974, jumlah tenaga pengajar tetap telah bertambah menjadi 19 orang. Pada tahun 1977, dibuka Jurusan Sosiologi untuk memenuhi ketentuan Konsorsium Ilmu-Ilmu Sosial, yang mengharuskan Fakultas Sosial dan Politik Universitas Pattimura minimal memiliki dua jurusan.
Dalam perkembangan lebih lanjut, sesuai dinamika dan perubahan paradigma ilmu pengetahuan, maka seperti penyesuaian yang dilakukan di berbagai Fakultas/Universitas lainnya, pada tahun 1983 Fakultas ini kemudian merubah namanya dari Fakultas Sosial Politik menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 0575/0/1983 tanggal 8 Desember 1983. Seirama dengan penyesuan nama Fakultas, maka sekaligus untuk pertama kalinya Fakultas ini melaksanakan program pendidikan berdasarkan Sistem Kredit Semester (SKS).
Perkembangan lain yang turut mewarnai pergantian nama Fakultas tersebut yakni, dibukanya Program Studi Ilmu Pemerintahan dalam Jurusan Ilmu Adminstrasi pada tahun Akademik 1985/1986. Dengan demikian, sampai saat ini Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik telah memiliki dua Jurusan dan tiga Program Studi, yaitu Jurusan Ilmu Administrasi yang menaungi Program Studi Administrasi Negara, Program Studi Ilmu Pemerintahan, dan Program Studi Ilmu Komunikasi, serta Jurusan Sosiologi dengan Program Studi Sosiologi. Mulai Tahun Akademik 2005, Fakultas ini juga telah membuka Program Pasca Sarjana (S2) Sosiologi dengan Program Studi Sosiologi Pembangunan, dan pada tahun 2014 dibuka Program Studi (S2) Administrasi Publik, yang secara administratif berada di bawah pengelolaan Program Pasca Sarjana Universitas Pattimura.
